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filogenesi la storia del processo evolutivo subíto dalle specie e dagli altri gruppi sistematici; per i vegetali, soprattutto quelli ‘superiori’ (in particolare le Angiosperme) sono stati proposti schemi evolutivi anche molto diversi fra loro, in ragione del fatto che non vi sono, per queste piante, dei reperti fossili ‘scalari’, che consentano di riconoscere quali taxa si possano considerare più arcaici e quali abbiano fatto successivamente la loro comparsa. Nella determinazione della filogenesi è attribuita una grande importanza a tre caratteri principali: (i) le modifiche del corredo cromosomico di specie poste in punti ‘chiave’ dell’albero filogenetico; (ii) l’esame dell’evoluzione di quegli organismi (parassiti) che si ritiene abbiano avuto, rispetto a queste piante, una evoluzione parallela o sequenziale; (iii) l’evoluzione dei composti biochimici man mano elaborati dalle piante, ad esempio per tenere lontani i loro predatori (gli animali erbivori).